根据13.5个月的数据,Kaplan Meier的年平均生存率

时间:2019-09-13 19:34:18

标签: survival-analysis survival

我有13.5个月的GPS项圈数据。我要每年生存。我在R中使用的是Kaplan Meier估算器,其中包含生存和Survminer软件包。

我的问题是我的代码: 1)不会告诉我整个曲线的存活概率 2)仅允许我提取特定日期(例如365天)的生存概率,但这不是年度生存率 我了解每年应该是13.5个月的平均值。

有没有办法做到这一点?还是无法实现年度生存?

我有13.5个月的GPS项圈数据。我要每年生存。我在R中使用的是Kaplan Meier估算器,其中包含生存和Survminer软件包。

我的数据称为jackals2 有2组of狼(inst1和inst2)

我需要交错输入,因为并非inst2中的所有个人都在同一日期被领住。

我使用survdiff进行对数排名比较。

fit2 <- survfit(Surv(jackals2$enter, jackals2$exit, jackals2$death) ~ inst,      
                                    data = jackals2, conf.int=0.95)
print(fit2)               
summary(fit2)

surv_diff <- survdiff(jackals2$enter, jackals2$exit, jackals2$death) ~ inst, data = jackals2)
surv_diff

我的数据:

  id enter exit death inst
1   1     0  414     0    1
2   2     0  414     0    1
3   3     0  414     0    1
4   4     0  140     1    1
5   5     0   54     1    1
6   6     0  165     1    1
7   7     0  275     1    1
8   8     0   38     1    1
9   9     0  216     1    1
10 10     0  414     0    1
11 11     0  414     0    1
12 12     0  414     0    1
13 13     0   94     1    2
14 14     4   34     0    2
15 15    13   26     1    2
16 16    17  415     0    2
17 17    42  415     1    2
18 18    55  415     1    2
19 19    65   90     0    2
20 20   110  415     1    2
21 21   110  415     0    2
22 22   122  230     0    2
23 23   300  415     0    2
24 24   358  415     0    2

致电:

    survfit(formula = Surv(jackals2$enter, jackals2$exit, jackals2$death) ~ 
        inst, data = jackals2, conf.int = 0.95)

                inst=1 
 time n.risk n.event censored survival std.err lower 95% CI upper 95% CI
   38     12       1        0    0.917  0.0798        0.773        1.000
   54     11       1        0    0.833  0.1076        0.647        1.000
  140     10       1        0    0.750  0.1250        0.541        1.000
  165      9       1        0    0.667  0.1361        0.447        0.995
  216      8       1        0    0.583  0.1423        0.362        0.941
  275      7       1        0    0.500  0.1443        0.284        0.880

                inst=2 
 time n.risk n.event censored survival std.err lower 95% CI upper 95% CI
   26      4       1        0    0.750   0.217        0.426        1.000
   94      4       1        2    0.562   0.230        0.253        1.000
  415      7       3        5    0.321   0.168        0.115        0.896

> print(fit2)
Call: survfit(formula = Surv(jackals2$enter, jackals2$exit, jackals2$death) ~ 
    inst, data = jackals2, conf.int = 0.95)

       records n.max n.start events median 0.95LCL 0.95UCL
inst=1      12    12       0      6    275     165      NA
inst=2      12     7       0      5    415      26      NA

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