我有13.5个月的GPS项圈数据。我要每年生存。我在R中使用的是Kaplan Meier估算器,其中包含生存和Survminer软件包。
我的问题是我的代码: 1)不会告诉我整个曲线的存活概率 2)仅允许我提取特定日期(例如365天)的生存概率,但这不是年度生存率 我了解每年应该是13.5个月的平均值。
有没有办法做到这一点?还是无法实现年度生存?
我有13.5个月的GPS项圈数据。我要每年生存。我在R中使用的是Kaplan Meier估算器,其中包含生存和Survminer软件包。
我的数据称为jackals2 有2组of狼(inst1和inst2)
我需要交错输入,因为并非inst2中的所有个人都在同一日期被领住。
我使用survdiff进行对数排名比较。
fit2 <- survfit(Surv(jackals2$enter, jackals2$exit, jackals2$death) ~ inst,
data = jackals2, conf.int=0.95)
print(fit2)
summary(fit2)
surv_diff <- survdiff(jackals2$enter, jackals2$exit, jackals2$death) ~ inst, data = jackals2)
surv_diff
我的数据:
id enter exit death inst
1 1 0 414 0 1
2 2 0 414 0 1
3 3 0 414 0 1
4 4 0 140 1 1
5 5 0 54 1 1
6 6 0 165 1 1
7 7 0 275 1 1
8 8 0 38 1 1
9 9 0 216 1 1
10 10 0 414 0 1
11 11 0 414 0 1
12 12 0 414 0 1
13 13 0 94 1 2
14 14 4 34 0 2
15 15 13 26 1 2
16 16 17 415 0 2
17 17 42 415 1 2
18 18 55 415 1 2
19 19 65 90 0 2
20 20 110 415 1 2
21 21 110 415 0 2
22 22 122 230 0 2
23 23 300 415 0 2
24 24 358 415 0 2
致电:
survfit(formula = Surv(jackals2$enter, jackals2$exit, jackals2$death) ~
inst, data = jackals2, conf.int = 0.95)
inst=1
time n.risk n.event censored survival std.err lower 95% CI upper 95% CI
38 12 1 0 0.917 0.0798 0.773 1.000
54 11 1 0 0.833 0.1076 0.647 1.000
140 10 1 0 0.750 0.1250 0.541 1.000
165 9 1 0 0.667 0.1361 0.447 0.995
216 8 1 0 0.583 0.1423 0.362 0.941
275 7 1 0 0.500 0.1443 0.284 0.880
inst=2
time n.risk n.event censored survival std.err lower 95% CI upper 95% CI
26 4 1 0 0.750 0.217 0.426 1.000
94 4 1 2 0.562 0.230 0.253 1.000
415 7 3 5 0.321 0.168 0.115 0.896
> print(fit2)
Call: survfit(formula = Surv(jackals2$enter, jackals2$exit, jackals2$death) ~
inst, data = jackals2, conf.int = 0.95)
records n.max n.start events median 0.95LCL 0.95UCL
inst=1 12 12 0 6 275 165 NA
inst=2 12 7 0 5 415 26 NA