Question

可能重复：
R cluster with Tanimoto/Jaccard

输入

genename  treatment1 treatment2 treatment3
aaa       1          0          0
bbb       0          1          1
ccc       1          1          1
ddd       0          0          0

通过

d <- vegdist(mytable, method = "jaccard")

来自包vegan的

。出现如下错误信息。

Error in rowSums(x, na.rm = TRUE) : 'x' must be numeric.

我输入str（mytable），我看

'data.frame': xxx obs of xxx variables:
$ aaa : int 1 0 0
$ bbb : int 0 1 1
$ ccc : int 1 1 1
$ ddd : int 0 0 0

由于需要gene.name来解释结果，我想保留aaa，bbb，ccc和ddd。

我还尝试通过以下命令删除第一列，但是，这些命令中的任何一个都可以解决问题

rownames(mytable) <- mytable[,1]
mytable <-mytable[,-1]

你能介意教我如何解决这个问题吗？

Answer 1

这是我用dfrm命名的geneRx：

> rownames(geneRx) <-geneRx[,1]
> geneRx <-geneRx[,-1] 
> geneRx
    treatment1 treatment2 treatment3
aaa          1          0          0
bbb          0          1          1
ccc          1          1          1
ddd          0          0          0
> d <- vegdist(geneRx, method = "jaccard")
Warning message:
In vegdist(geneRx, method = "jaccard") :
  you have empty rows: their dissimilarities may be meaningless in method jaccard
> d
          aaa       bbb       ccc
bbb 1.0000000                    
ccc 0.6666667 0.3333333          
ddd 1.0000000 1.0000000 1.0000000

这是一个警告，而不是一个错误，它似乎有理由提供信息。如果您没有治疗，则无法与其他病例进行比较。并且rownames用作标签。那么是什么问题？

R vegdist（jaccard）：如何在群集中包含行名？

1 个答案: