从R中的edgeR包中提取数据

时间:2019-09-06 10:25:43

标签: r package

我在edgeR package中使用R,这里是我使用的代码

library(edgeR)
target <-read.delim("metadata.txt", header=T)
x <- read.csv('data4.txt', row.names = 1)
group <- factor(target$group)
design <- model.matrix(~0+group)

当我打印设计变量时,我会得到以下结果:

> design
   group1 group2
1       1      0
2       1      0
3       0      1
4       1      0
5       0      1
6       1      0
7       1      0
8       1      0
9       0      1
10      0      1
11      1      0
12      0      1
attr(,"assign")
[1] 1 1
attr(,"contrasts")
attr(,"contrasts")$group
[1] "contr.treatment"

我想像这样创建一个新的变量,称为比较:

comparison = "group1-group2"

我实际上不知道该怎么做,因为group1和group2不是标题或单独的部分。你们知道怎么做吗?

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