GLMM,类别变量和数值变量之间有交互作用

时间:2019-08-26 09:33:12

标签: python r mixed-models interaction convergence

我正在尝试找到一个glmm,它与我的分类变量和数字变量之间的交互作用收敛。我的实验由不同的地块类型(A,B,C和D)组成,分别绘制在0、1、2和3年。

现在,我想知道各个地块类型和年份之间的物种数量有何不同。因此,我想使用函数glmmTMB创建一个glmm。不幸的是,我的理想模型将降水和温度(绘制地块的年份)作为附加的相关固定效应,无法正常工作。作为随机效果,我使用了情节的不同位置。

我已经尝试了不同的家庭,具有不同等级的随机效果的不同组合,并添加了其他固定效果,例如现场的作物,邻近的栖息地等等。另外,我尝试改用glmerlmer,但是我的模型都没有一个收敛的解决方案,并且没有因变量的交互而产生错误信息。

我还尝试在年份类型变量中包含年份(A_0,A_1,A_2,A_3,B_0,...)。有了这个,我的模型就起作用了,我也得到了我需要的意义。这是可能做到的还是会产生错误的意义或相关性?

我目前尚未收敛的理想模型是:

glmmTMB(Number_of_species ~ Year_of_Implementation * Plot_type + Precipitation * Temperature + (1|site), family = binom1, data= example)

这给了我错误消息:

  

50条或更多警告(21:在f(par,order = order,...):值超出'lgamma'的范围)   我也经常收到以下错误:警告消息:   1:在nlminb中(开始= par,目标= fn,梯度= gr,控制= control $ optCtrl):     NA / NaN功能评估   2:在nlminb中(开始= par,目标= fn,梯度= gr,控制= control $ optCtrl):     NA / NaN功能评估   3:在fitTMB(TMBStruc)中:     模型收敛问题;非正定Hessian矩阵。参见小插图(“疑难解答”)

我的目标是获得一张显示每年每种地块类型发展情况的地块的意义。

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