Question

我怎样才能在规则上确保所有输出文件夹都已正确创建？我应该添加每个预期结果文件吗？

以某种方式与snakemake define folder as output相关，但在我的情况下，指定的“输出”是指向目录的路径和所有结果文件的前缀（它们可能是多个）的组合

以下命令创建文件夹路径Analysis / MosDepth并将文件添加到该路径：

 gt0.mosdepth.global.dist.txt
 gt0.mosdepth.region.dist.txt
 gt0.per-base.bed.gz
 gt0.per-base.bed.gz.csi
 gt0.regions.bed.gz
 gt0.regions.bed.gz.csi


rule MosDepth:
    input:
        bam = "Analysis/Minimap2/"+UnpackedRawFastq+".bam",
        bed = "ReferenceData/"+UnpackedGenomeGFF+"_exons.bed"
    output:
        pfx = "Analysis/MosDepth/gt0"
    threads: config["threads"]
    shell:
        "mosdepth -t {threads} -b {input.bed} {output.pfx} {input.bam}"

我目前在规则全部中只有一个文件：这是否足够？是否有更好的方法来确保mosdepth运行良好，并且在以后的重新运行中不再重做？

rule all:
  input:
    "Analysis/MosDepth/gt0.regions.bed.gz"

Answer 1

我会推荐这样的东西：

mos_out = ['gt0.mosdepth.global.dist.txt', 'gt0.mosdepth.region.dist.txt', 'gt0.per-base.bed.gz', 'gt0.per-base.bed.gz.csi', 'gt0.regions.bed.gz', 'gt0.regions.bed.gz.csi']

rule MosDepth:
    input:
        bam = "Analysis/Minimap2/"+UnpackedRawFastq+".bam",
        bed = "ReferenceData/"+UnpackedGenomeGFF+"_exons.bed"
    output:
        expand("Analysis/MosDepth/{mos_out}", mos_out=mos_out) 
    params:
       pfx = "Analysis/MosDepth/gt0"
    threads: config["threads"]
    shell:
        "mosdepth -t {threads} -b {input.bed} {params.pfx} {input.bam}"

如果规则未创建输出文件之一，snakemake将为您删除所有输出文件，并引发错误。

带前缀的蛇形输出，包括路径

1 个答案: