Question

我们如何使用递归来计算函数中所有长度为n的dna序列。

例如，如果给定功能2，则返回['AA'，'AC'，'AT'，'AG'，'CA'，'CC'，'CT'，'CG'，'TA' ，“ TC”，“ TT”，“ TG”，“ GA”，“ GC”，“ GT”，“ GG”]

等...

Answer 1

functools.permutations将给出给定迭代的所有组合，第二个参数r是返回的组合的长度

itertools.permutations('ACGT', length)

Answer 2

这是一种方法：

def all_seq(n, curr, e, ways):
    """All possible sequences of size n given elements e.

    ARGS
        n: size of sequence
        curr: a list used for constructing sequences
        e: the list of possible elements (could have been a global list instead)
        ways: the final list of sequences
    """
    if len(curr) == n:
        ways.append(''.join(curr))
        return

    for element in e:
        all_seq(n, list(curr) + [element], e, ways)


perms = []
all_seq(2, [], ['A', 'C', 'T', 'G'], perms)
print(perms)

输出：

['AA', 'AC', 'AT', 'AG', 'CA', 'CC', 'CT', 'CG', 'TA', 'TC', 'TT', 'TG', 'GA', 'GC', 'GT', 'GG']

Answer 3

您实际上想要itertools.product('ACGT', repeat=n)。请注意，这将快速增长（长度为4^n的{{1}}个元素。

如果您的任务是递归执行，请考虑如何获取以n长度前缀开头的所有n + 1长度选项。如果您在愤怒时需要使用它，那么与itertools相比，朴素的递归选项可能会比较慢。

创建长度为n的DNA序列

3 个答案: