我正在尝试使用R系统调用system（）在R studio中运行bash脚本。看来无法以这种方式加载模块。
我用谷歌搜索了这个问题，显然从R Studio执行的脚本将以非交互式形式运行。我通过在bash脚本的开头添加source ~/.bashrc来强制此非交互式bash来获取〜/ .bashrc（其中包含多行“模块加载”内容）。但是，当我在R中运行脚本时，它仍然报告未找到“模块”命令。
bash脚本的开始看起来像这样：
#!/bin/bash
source ~/.bashrc
while getopts i: option
.bashrc中的模块加载行如下所示：
/usr/share/lmod/lmod/init/bash
PATH=~/local/bin/:$PATH
export PATH
module load bedtools
module load kentUCSC
module load python3
module load python2
您可以在.bashrc文件的第一行中看到，我什至添加了一行来启动“模块”包。
R中的错误：
/bar/cfan/.bashrc: line 118: module: command not found
/bar/cfan/.bashrc: line 119: module: command not found
/bar/cfan/.bashrc: line 120: module: command not found
/bar/cfan/.bashrc: line 121: module: command not found
/bar/cfan/.bashrc: line 123: module: command not found
/bar/cfan/.bashrc: line 124: module: command not found
/bar/cfan/.bashrc: line 125: module: command not found
如果有人可以给我提示发生的事情，我将非常感谢。我真的希望我可以在R Studio中运行bash脚本。这会使我的生活更加轻松。
非常感谢！