Question

以某种方式基于Bray-Curtis-Distraitity绘制树状图时，我的R代码卡住了，我不知道如何再次运行它。

我读取的csv文件包含10个变量（ID，站，深度，DO和6种），每个变量有119个观测值。有很多零，但没有“ NA”。

问题发生在comm2_bc_dist<-vegdist(comm2_log,method="bray")和comm2_bc_clust<-hclust(comm2_bc_dist,method="average")中，因此我无法继续以前使用过的脚本。

有人可以在这里帮助确定问题吗？

library (picante)
library(dplyr)
library(ggplot2)
library(tidyr)
library(ggdendro)
library(clustsig)

comm2<-comm[,-c(1,2,3,4)]

class(comm2)

dim(comm2) 

rownames(comm2)

head(colnames(comm2))

comm2[1:5, 5:1]

comm2_log<-log(comm2+1)

comm2_pa<-ifelse(comm2>0,1,0)

metadata<-comm[,c(1,2,3,4)]

comm2_bc_dist<-vegdist(comm2_log,method="bray")

comm2_bc_clust<-hclust(comm2_bc_dist,method="average")

simprof_test<-simprof(data=comm2_log,num.expected=200,num.simulated=1000,
                      method.cluster="average",method.distance="czekanowski", 
                      method.transform="identity",alpha=0.01,sample.orientation="row", 
                      const=1,silent=FALSE,increment=10,undef.zero=F, 
                      warn.braycurtis=F)
simprof.plot(simprof_test)

plot(comm2_bc_clust,ylab="Bray-Curtis dissimilarity",hang=-1)

dendr<-dendro_data(comm2_bc_clust,type="rectangle")

ggplot()+
  geom_segment(data=segment(dendr),aes(x=x,y=y,xend=xend,yend=yend))+
  geom_text(data=label(dendr),aes(x=x,y=y,label=label,hjust=0),size=3)+
  coord_flip()+
  scale_y_reverse(expand=c(0.1,0))+
  theme(axis.line.y=element_blank(),
        axis.ticks.y=element_blank(),
        axis.text.y=element_blank(),
        panel.background=element_rect(fill="white",colour="black"),
        panel.grid=element_blank(),
        axis.text.x=element_text(size=12))+
  labs(x="",y="Bray-Curtis Dissimilarity")

绘图之前卡住了用于聚类分析的代码

0 个答案: