Question

当我在R会话中运行rmarkdown两次并尝试保存工作区图像（例如，退出时）时，有时会出现以下错误：

Error in save(list = names(.GlobalEnv), file = outfile, version =
version,  :    
  cannot open file '/path/to/my/workspace/rmarkdown_file_cache/docx/diffbind_SS_a24a9612f1c7bc111ac230ebcefdb453.rdb': No such file or directory 
In addition: Warning message: 
In save(list = names(.GlobalEnv), file = outfile, version = version,  :
  restarting interrupted promise evaluation

traceback()没有显示任何信息：

2: save(list = names(.GlobalEnv), file = outfile, version = version, 
       ascii = ascii, compress = compress, envir = .GlobalEnv, precheck = FALSE)
1: save.image()

这种行为是不稳定的，或者至少我找不到模式；因此，我不能给您一个简单的工作示例。它不时发生。但是，显然要依靠cache=TRUE选项来编织块。

显然，出于某些奇怪的原因，R需要rmarkdown延迟加载数据库，并且需要某种方式。我的问题：

为什么？我的意思是，在我的环境中哪里有对该文件的引用？为什么save.image()需要它？
相关：如何保护环境？
如何更好地调试正在发生的事情？
如何避免呢？（我必须使用cache=TRUE）。

Answer 1

复制起来并不容易，但是最近我想保存数据集而不是整个环境时遇到了类似的错误。

我假设，您确保目录存在并且Rmarkdown尝试保存到正确的位置，并且您有足够的磁盘空间来保存工作区。

我的问题是由于会话崩溃。我解决了

将session（在Linux中的.rstudio下）复制到session_orig
删除会话目录
重新启动R

使用rmarkdown时错误保存环境

1 个答案: