R中更快的drop()

时间:2019-07-18 16:08:02

标签: arrays r

对于大型数组,R中的

drop()已经非常快了(因为它是一个内部函数)。

非常大的阵列(例如基因组学)有更快的速度吗?

'abind'程序包具有'adrop()',但它是用纯R编写的,并且速度要慢几个数量级。

以下是一些基准:

library(bench)

x <- array(1:(10000 * 1000), dim = c(10000, 1000, 1))
bench::mark(drop(x), adrop(x, drop = 3))

Unit: nanoseconds
    expr             min    lq     mean  median      uq    max neval
           drop(x)   570   661   905.56   986.5  1069.5   3631   100
adrop(x, drop = 3) 20962 21370 24563.73 21603.5 21880.5 297273   100

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