我正在尝试对数据运行嵌套的混合模型PERMANOVA，该模型包括：因变量：Y =物种丰富度矩阵； 自变量：固定效应 分类变量-时间（阶段，分为3个级别：P1，P2和P3）； 协变量（与水的距离）； 随机效应-重复测量（图-也是我的样本单位） 嵌套因子（季节，分为Se1，Se2和Se3 3个级别），它对应于相位周期。
问题是我不知道同时应用所有这些条件的任何程序包或函数。我尝试从素食主义者包中运行函数adonis，但未成功。如我所述，还有其他软件包可用来分析我的数据吗？
我尝试执行以下操作：
permanova.mod1<-adonis(data_frog ~ module + dist.water + phase + phase/season, data = data_frog ,permutations = 999,method = "bray", sqrt.dist = FALSE, add = FALSE, by = "terms", strata= data_frog $plot).
以及以下内容：
perm <- how(nperm = 999, blocks = data_frog $plot , within = Within(type = "series"))
perm
permanova.mod2<-adonis(data_frog ~ module + dist.water + phase + phase/season, data = data_frog ,permutations = perm,method = "bray", sqrt.dist = FALSE, add = FALSE, by = "terms").
以及以下内容：
perm <- how(nperm = 999, blocks = data_frog $plot , within = Within(type = "series"))
perm
permanova.mod1<-adonis(data_frog ~ module + dist.water + phase, data = data_frog ,permutations = perm,method = "bray", sqrt.dist = FALSE, add = FALSE, by = "terms", strata= data_frog $season).
但是我的结果是相同的，而且我认为我将嵌套因子包括在内的方式在两个方面都是错误的。