我正在开发一个程序来解决python中的Bloch(或更精确地说是Bloch McConnell)方程。所以要解决的方程是:
其中 A 是 NxN 矩阵, A + 是其伪逆,而 M0 和 B 是大小为N的向量。
特别的是,我想同时求解多个偏移量的方程(因此可以求解多个矩阵 A )。新的尺寸是:
程序的常规版本(在M尺寸的第一个维度上使用循环)工作正常,但我在“并行版本”中停留在某一点。
此刻我的代码如下:
def bmcsim(A, b, M0, timestep):
ex = myexpm(A*timestep) # returns stacked array of size MxNxN
M = np.zeros_like(M0)
for n in range(ex.shape[0]):
A_tmp = A[n,:,:]
A_b = np.linalg.lstsq(A_tmp ,b, rcond=None)[0]
M[n,:,:] = np.abs(np.real(np.dot(ex[n,:,:], M0[n,:,:] + A_b) - A_b))
return M
,我想摆脱那个for n in range(ex.shape[0])
循环。不幸的是,np.linalg.lstsq
不适用于堆叠数组,对吗? myexpm
中的np.apply_along_axis
用于另一个问题:
def myexpm(A):
vals,vects = np.linalg.eig(A)
tmp = np.einsum('ijk,ikl->ijl', vects, np.apply_along_axis(np.diag, -1, np.exp(vals)))
return np.einsum('ijk,ikl->ijl', tmp, np.linalg.inv(vects))
但是,这仅适用于一维输入数据。我可以在np.linalg.lstsq
中使用类似的东西吗?我猜np.dot
中的bmcsim
将被np.einsum
替换为myexpm
,还是有更好的方法?
感谢您的帮助!
更新:
我刚刚意识到我可以用np.linalg.lstsq(A,b)
替换np.linalg.solve(A.T.dot(A), A.T.dot(b))
并设法摆脱这种循环:
def bmcsim2(A, b, M0, timestep):
ex = myexpm(A*timestep)
b_stack = np.repeat(b[np.newaxis, :, :], offsets.size, axis=0)
tmp_left = np.einsum('kji,ikl->ijl', np.transpose(A), A)
tmp_right = np.einsum('kji,ikl->ijl', np.transpose(A), b_stack)
A_b_stack = np.linalg.solve(tmp_left , tmp_right )
return np.abs(np.real(np.einsum('ijk,ikl->ijl',ex, M0+A_b_stack ) - A_b_stack ))
这大约快了3倍,但仍然有些复杂。我希望有更好(更短/更容易)的方法,甚至可能更快?!