为具有R中协变量的混合效应模型创建for循环

时间:2019-07-10 00:15:39

标签: for-loop mixed-models

这是重复的测量数据,我想使用混合效果模型来运行它。该模型包括;自变量,组(GID),时间和协变量(例如ADRB2_pre)和ID,以进行重复测量。我有59个变量(独立变量)和59个协变量(每个独立变量一个)。协变量是预处理值。

我正在尝试使用for循环对59个变量和协变量(预处理值)运行此循环。循环中的每个模型都会改变两个变量(请参见下文),如何使这两个变量不同?

例如 ADRB2:如果为[i]; ADRB2_pre:变量ADRB2的协变量,不确定在循环中是什么?例如我+1?

这些变量在电子表格中彼此相邻列出(i,i + 1),如何在模型中将第二个变量(i + 1)作为协变量循环?然后,我需要循环移动到其他变量,依此类推……。
我在下面提供了部分样本,我有6个小组,每个小组中有4个主题,但只是为了节省空间而在此处上传了一些数据。

非常感谢您的帮助。

我看了网上的例子,发现没有一个与我打算做的相似。我能够为自变量而不是协变量创建一个简单的循环

#Libraries
library(nlme);library(emmeans);library(car)
# Mixed-effect model
model <- lme(ADRB2 ~  GID + Time +  ADRB2_pre, data = dat, random = ~ 1 | ID)
summary(model)

# Estimated marginal means using tukey test
emmeans(model, list(pairwise ~ GID), adjust = "tukey")

## normal plot of standardized residuals
qqnorm(model, ~ resid(., type = "p") , abline = c(0, 1))


# My loop
for(i in ncol(dat)){
model <- lme(dat[,i] ~  GID + Time +  [,i+1], data = dat, random = ~ 1 | ID)

model.frame.default中的错误(公式=〜dat + i + GID + TimeC + ID,data = list(:变量'dat'的无效类型(列表)

# subset of data for 6 groups 
ID  Time    GID ADRB2   ADRB2_pre   ABCG1   ABCG_pre
1   0   0   21.56   21.58   21.56   21.58
2   0   0   20.12   20.05   20.12   20.05
3   1   0   21.71   21.49   21.71   21.49
4   1   0   20.77   22.08   20.77   22.08
5   0   1   21.10   21.31   21.10   21.31
6   0   1   21.09   20.92   21.09   20.92
7   1   1   21.05   21.21   21.05   21.21
8   1   1   21.40   21.54   21.40   21.54
9   0   2   19.89   20.07   19.89   20.07
10  0   2   20.93   20.66   20.93   20.66
11  1   2   21.72   21.46   21.72   21.46
12  1   2   21.11   21.81   21.11   21.81
13  0   3   22.10   20.08   22.10   20.08
14  0   3   21.14   21.27   21.14   21.27
15  1   3   20.70   21.94   20.70   21.94
16  1   3   20.98   20.80   20.98   20.80
17  0   4   20.75   21.10   20.75   21.10
18  0   4   20.88   20.33   20.88   20.33
19  1   4   21.19   21.55   21.19   21.55
20  1   4   20.48   21.28   20.48   21.28
21  0   5   20.55   20.54   20.55   20.54
22  0   5   21.77   20.69   21.77   20.69
23  1   5   21.20   20.87   21.20   20.87
24  1   5   20.12   22.02   20.12   22.02
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