Question

使用h2o R软件包（v 3.24.0.5）进行一些深度学习，我需要将一些大的稀疏矩阵[2M * 10k]导入其中。我尝试使用fwrite，但是出现了cholmod问题太大错误，因此使用svmlight。原始矩阵如下所示：

    Count    Dist    
1   nan     10.1266
2   859.124 10.8198
3   nan     10.1266

为此，我拿起了sparsio包，编写可以，但是当用h2o.importFile读取文件时，我注意到了一些错误：我在每个数字的前面都获得了列索引，如下所示：

library(sparsio)
write_svmlight(HiC_mat.All, file="Rdata/mat_kmer-NA.txt")


HIC_df = h2o.importFile("Rdata/mat_kmer-NA.txt")

HIC_df[1:3,1:3]
  C1        C2        C3
1  0     0:nan 1:10.1266
2  0 0:859.124 1:10.8198
3  0     0:nan 1:10.1266

关于如何摆脱这些的任何想法吗？

数据应如下所示：

  C1        C2        C3
1  0       nan     10.1266
2  0    859.124    10.8198
3  0       nan     10.1266

Answer 1

好，所以问题似乎确实在我使用的svm文件的编写中：

write_svmlight(x, y = numeric(nrow(x)), file = filename, zero_based = FALSE)

并且现在可以使用

使用H2O读取svmLigh格式

1 个答案: