生存模型中用于校准的GND测试代码存在问题

时间:2019-07-07 18:19:03

标签: r survival-analysis calibration cox-regression

我正在尝试使用Greenwood-Nam-D'agostino测试对生存模型进行校准,并在此处找到R代码(http://ncook.bwh.harvard.edu/assets/GND_w_practical_example.R

请找到我的代码块:

adm.cens=365
itt$fu.time <- pmin(itt$timetobleed, adm.cens)
itt$status <- ifelse(as.numeric(adm.cens < itt$timetobleed), 0, itt$bleed)
nonadm.cens=ifelse(itt$timetobleed<adm.cens & itt$bleed==0,1,0)
mean(itt$bleed)

survcox_d<-coxph(data=itt, Surv(fu.time, status)~score)
summary(survcox_d)
survfit_d=survfit(survcox_d, newdata=itt, se.fit=FALSE)
survpr4K=survfit_d$surv[212,]
estsurv=survpr4K
estinc=1-survpr4K

itt_only$dec=as.numeric(cut2(estinc, g=4))

table(itt_only$dec, itt_only$status)

GND.result=GND.calib(pred=estinc, tvar=itt$fu.time, out=itt_only$status, 
                     cens.t=365, groups=itt$dec, adm.cens=365)

这是我第一次尝试使用此代码,因此我不知道会发生什么,但是我收到错误消息:

 Error in if (sum(data.sub$out) > 1) { : 
  missing value where TRUE/FALSE is requested

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