从我的MS蛋白质组学数据集中，经过过滤步骤，我最终得到20种蛋白质，并且在此下拉实验中仅使用了一种诱饵蛋白质。因此，我只有20种蛋白质的列表（没有定量数据）。
然后，我从cBioPortal中从TCGA数据库中选择了一个包含mRNA表达数据的乳腺癌数据集。因此，现在，对于这20种下拉蛋白中的每一种，我都需要创建一个散点图，使其x轴显示PAM50内在亚型（乳腺癌亚型，如基底样，管腔A，管腔B，富含HER2的正常- ，和claudin-low），并且y轴显示mRNA表达（或z得分或log2 mRNA表达）。
该图将mRNA表达与PAM50亚型以及我的诱饵蛋白的mRNA表达相关。因此，在这20种候选蛋白中，我可以选择其mRNA表达与诱饵mRNA表达高度相关的蛋白，同时将它们的表达也分为不同的乳腺癌亚型（PAM50）。
我非常感谢您提供有关如何创建此类情节的帮助。 非常感谢。