Question

我试图在R（版本3.6）中使用新的monocle3程序，并尝试使用利用Louvain社区检测的cluster_cells函数。当我尝试运行以下代码时，它似乎不起作用。

我很确定我已经在终端上使用anaconda在Mac上正确安装了Louvain。

cds <-cluster_cells（cds，resolution = c（10 ^ seq（-6，-1）））值错误[3L]：找不到Louvain Python套件。请使用python_home参数传递安装了Louvain的python主目录。

Answer 1

我遇到了同样的问题，并被conda_install解决了。

首先，请确保py_config显示您的r-reticulate环境的路径

> py_config()
python:         /anaconda3/envs/r-reticulate/bin/python
libpython:      /anaconda3/envs/r-reticulate/lib/libpython3.7m.dylib
pythonhome:     /anaconda3/envs/r-reticulate:/anaconda3/envs/r-reticulate
version:        3.7.1 (default, Oct 23 2018, 14:07:42)  [Clang 4.0.1 (tags/RELEASE_401/final)]
numpy:          /anaconda3/envs/r-reticulate/lib/python3.7/site-packages/numpy
numpy_version:  1.16.4
umap:           /anaconda3/envs/r-reticulate/lib/python3.7/site-packages/umap

python versions found: 
 /anaconda3/envs/r-reticulate/bin/python
 /usr/bin/python
 /usr/local/bin/python
 /usr/local/bin/python3

然后，通过louvain在R中安装conda_install

conda_install(envname = "r-reticulate", packages="louvain")

在R中找不到Louvain Python套件

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