Question

我正在测试是否可以支持使用 ememans 中的 cplm 软件包拟合的模型，并且遇到了terms的一些非常奇怪的行为方法。这是一个示例：

library(emmeans)
library(cplm)

data(mtcars)

m <- cpglm(mpg ~ cyl + disp + hp, data = mtcars)

函数emmeans:::recover_data.lm似乎可以正常工作。它只是在对象上调用terms方法，并将其传递给其他函数。但是，它不起作用：

> emmeans:::recover_data.lm(m)
 Error in slot(x, name) : 
  no slot of name "terms" for this object of class "cpglm"

进一步研究，我确认terms()在全局环境中确实有效：

> terms(m)
mpg ~ cyl + disp + hp
... (remaining lines excluded) ...

但是，它在recover_data.lm中不起作用：

> debug(emmeans:::recover_data.lm)
> emmeans:::recover_data.lm(m)
    ...

Browse[2]> terms(object)
Error in slot(x, name) : 
  no slot of name "terms" for this object of class "cpglm"

Browse[2]> getMethod("terms", "cpglm")
Error in getMethod("terms", "cpglm") : 
  no method found for function 'terms' and signature cpglm

但是...

Browse[2]> getMethod("terms", "cplm")  ## cpglm inherits from cplm
Method Definition:

function (x, ...) 
attr(x@model.frame, "terms")
    ... etc. ...

Browse[2]> methods("terms")
[1] terms,ANY-method  terms,cplm-method terms.default*    terms.formula*    terms.gls*       
[6] terms.merMod*     terms.terms*     
see '?methods' for accessing help and source code

Browse[2]> selectMethod("terms", "cpglm")
Method Definition:

function (x, ...) 
attr(x@model.frame, "terms")
    ... etc. ...

因此，在 emmeans 的名称空间中，我可以验证我们“知道” terms对象有一个cpglm方法，并且可以通过以下方式找到它selectMethod()，但不能通过getMethod()或仅通过调用terms()来实现。这很奇怪，尤其是因为selectMethod的文档似乎承诺它应该可以工作：

函数selectMethod()返回将被选择的方法如果参数具有由所指定的类，则调用函数f signature。

最后，我能够验证这似乎与调度S3方法时的冲突有关：

> stats::terms(m)
Error in slot(x, name) : 
  no slot of name "terms" for this object of class "cpglm"

当S3和S4方法混合使用时，有没有办法让我的软件包 emmeans 正常工作；特别是要在S3方法之前先寻找S4方法？

Answer 1

来自Methods_for_S3中的文档条目：

同时定义S3和S4方法的原因如下：


如果直接调用S3泛型函数，则将不会单独看到S4方法。例如，如果某些函数从不使该函数成为S4泛型的程序包中调用unique（），就会是这种情况。

cplm软件包为terms导出了S4方法，但不是S3的一个您可以看到here。当您附加terms时，这将自动使cplm成为S4通用。但是，emmeans从stats调用S3泛型，这就是导致问题的原因。

您可以通过在调度到S4泛型的全局环境中定义一个S3泛型来解决此问题：

terms.cpglm <- function(x, ...) {
    cplm::terms(x, ...)
}

但是您应该让cplm维护人员知道，如果他要将S3泛型转换为S4，则应该定义S3和S4方法。

片状S4方法分派

1 个答案: