Question

我正在尝试与t检验进行比较，这是两个基因表达平均值的列表。

我的矩阵是这样构建的

col1 <- c(6.7 , 8.4, 3.1)
col2 <- c(7.7, 8.8, 3.6)
matrix <- cbind(col1, col2)
rownames(matrix) <- c("gene1", "gene2", "gene3")

我想获得每个基因的p值。我所知道的是col1对应于对22个样本和col2进行了30个样本计算的均值。

我尝试对每行进行t检验，但无法正常工作。

apply(t.test, matrix$col1, matrix$col2, 1)

Answer 1

我认为您需要更好地定义要比较的内容。没有平均值的p值之类的东西。您正在比较第1列中的基因和第2列中的一个基因之间的碱基对方差？或者是上校。 1一个基因的完整序列和col2第二个基因的完整序列？您的问题不能清楚地说明您要分析的内容，否则您的数学知识可能毫无意义。

Here's是t测试的一个很好的定义，假设该测试实际上是您应该使用的测试。请注意，此测试不仅需要均值之间的差异（您可以根据显示的结果计算得出），每个均值的标准偏差（您没有）和项目数量（您所做的）。这意味着我们只有三分之二的必要输入。要获得第三个，您需要提供它，或者需要提供产生它的原始数据。