应用功能后如何将多个文件写到环境中?

时间:2019-06-20 16:15:20

标签: r matrix

我想使用 Domain Phylum Class Order OTU10001 Fungi Ascomycota Dothideomycetes Capnodiales OTU10004 Fungi Ascomycota Dothideomycetes Pleosporales

将96个.txt文件转换为R中的矩阵

这是一个文件中输入数据的一部分

BC76_OTU <- data.matrix(BC76.frequencytable)

以及单个文件的代码:

Feature_to_matrix <- function(x) {
  x <- as.matrix (files)
  return(x)
}

files <- list.files(path="path to directory", pattern="*.txt", full.names=TRUE, recursive=FALSE)
lapply(files, function(Feature_to_matrix) {
  t <- read.table(Feature_to_matrix, header=TRUE, row.names=1, sep="") 
  out <- t
})

我正在尝试使用data.matirx处理所有文件,并使用以下代码将每个文件写到环境中:

        temp = list.files(pattern="*.txt"

for (i in 1:length(temp)) { 
sample[i] <- read.csv(temp[i], header = TRUE,row.names=1,sep = "") write.matrix(sample[i]) } 

但是此代码不会生成R环境的输出文件。 有什么建议么? 谢谢!

我也尝试为其编写一个循环

Error in sample[i] <- read.csv(temp[i], header = TRUE, row.names = 1, : object of type 'closure' is not subsettable

但出现如下错误

{{1}}

有人可以给我一些修改代码的建议吗?

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