我想使用 Domain Phylum Class Order
OTU10001 Fungi Ascomycota Dothideomycetes Capnodiales
OTU10004 Fungi Ascomycota Dothideomycetes Pleosporales
这是一个文件中输入数据的一部分
BC76_OTU <- data.matrix(BC76.frequencytable)
以及单个文件的代码:
Feature_to_matrix <- function(x) {
x <- as.matrix (files)
return(x)
}
files <- list.files(path="path to directory", pattern="*.txt", full.names=TRUE, recursive=FALSE)
lapply(files, function(Feature_to_matrix) {
t <- read.table(Feature_to_matrix, header=TRUE, row.names=1, sep="")
out <- t
})
我正在尝试使用data.matirx处理所有文件,并使用以下代码将每个文件写到环境中:
temp = list.files(pattern="*.txt"
for (i in 1:length(temp)) {
sample[i] <- read.csv(temp[i], header = TRUE,row.names=1,sep = "") write.matrix(sample[i]) }
但是此代码不会生成R环境的输出文件。 有什么建议么? 谢谢!
我也尝试为其编写一个循环
Error in sample[i] <- read.csv(temp[i], header = TRUE, row.names = 1, : object of type 'closure' is not subsettable
但出现如下错误
{{1}}
有人可以给我一些修改代码的建议吗?