用tabix索引bgzip VCF文件会产生分段错误(核心转储)

时间:2019-06-19 13:50:32

标签: gzip vcf

我有一个很大的bgzipped vcf文件,其中包含700只狗的整个基因组,我需要对其进行索引才能在其上运行bcftools命令。

我已经使用了tabix命令

tabix -p vcf 772g.990.SNP.INDEL.chrAll.vcf.bgz

-p vcf指示用于索引的输入格式,所以我不知道为什么它不起作用。唯一的其他格式选项似乎是gff,bed和sam。 它返回:

segmentation fault (core dump)

我不确定是什么问题,因为文件被bgzzip压缩并且命令应该(我认为可以)。任何帮助都太棒了!

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