bgzip目录中的所有VCF文件?

时间:2015-08-08 17:56:16

标签: linux bash

所以我一直在尝试并行编写大约100个VCF文件,但是虽然提交了作业并且文件被创建,但肯定有问题。

到目前为止,我一直在尝试:

Profiles on interface Wireless Network Connection:

Group policy profiles (read only)
---------------------------------
    <None>

User profiles
-------------
    All User Profile     : x

这样做的正确方法是什么?

提前致谢!

2 个答案:

答案 0 :(得分:1)

您可以使用 GNU 并行。

parallel bgzip {} ::: *.vcf

答案 1 :(得分:0)

如果我的网络搜索建议,bgzipgzip的工作方式相同,则不指定输出文件:

for f in *.vcf; do
   bsub bgzip "$f"
done

如果文件名中包含空格,您还应该双引号变量。