Question

我正在对从考古现场报告中提取的分类频率数据进行对应分析。我之所以选择CA，是因为据我所知，它可以处理存在/不存在的情况，这通常是考古数据的本质。我使用FactoMineR和factoextra包创建了第一维和第二维的漂亮双目图。但是，查看特征值百分比，我真的很想将第三个维度与前两个维度作图，以可视化显示结果中出现的一些关联/关系（考古学家通常会努力应对多变量统计数据，包括我本人在内，使用视觉工具会有所帮助总体）。但是，我找不到使用FactoMineR或factoextra或任何其他软件包来绘制第三维的文档。有没有人做过此事，或有任何解决方法的建议？

我已经浏览了FactoMineR和factoextra文档。我也四处询问，并收到了尝试ggbiplot和ggfortify的建议；但是，这些似乎只适用于PCA，FA等数据。

lodgestotal4.ca <- CA(lodgestotal4) #run analysis
fviz_ca_biplot(lodgestotal4.ca, repel = TRUE) #biplot of dim 1 & 2
print(lodgestotal4.ca$col) #eigenvalues

Answer 1

fviz_pca_ind(rnaseq_X.pca, axes = c(1, 3), #chose dimensions to plot
         col.ind = "cos2", # Color by the quality of representation
         gradient.cols = c("#00AFBB", "#E7B800", "#FC4E07"),
         repel = TRUE     # Avoid text overlapping
)

喜欢吗？

是否有R函数使用FactoMineR（或任何其他软件包）绘制对应分析的第3维？

1 个答案: