从表面活性剂结构对象中提取坐标和原子类型

Question

例如，提取原子坐标列表[[x1，y1，z1]，[x2，y2，z2]，...]和原子种类列表的语法是什么。 pymatgen结构对象中的[1,1,1,1，...]？

Answer 1

这是一个很老的问题，但是如果您（或其他人）需要答案，它会如下所示：

from pymatgen.core.structure import Structure, Lattice

structure = Structure(lattice, atoms, coords)#some structure

coordinates = []
species = []

for s in structure:
        coordinates.append(s.coords) #cartesian coordinates
        #coordinates.append(s.frac_coords) #would give fractional coordinates instead
        species.append(s.specie.Z)
        #species.append(s.specie) #would give strings (e.g. "Fe") instead of atomic number

print(coordinates)
print(species)

Answer 2

从pymatgen导入结构对象

from pymatgen import Structure

从.cif文件读取cif结构

structure_from_cif = Structure.from_file('mp-773116La20S29O.cif')

获取坐标

cartesian_coords = structure_from_cif.cart_coords

要获取该物种，您可以执行以下操作

for i in structure_from_cif.species:
    print(i)