如何从R包中的函数生成html / pdf报告

时间:2019-06-18 02:35:21

标签: r report r-markdown knitr

我想在我的R包中包含一个函数,该函数会在给定一些输入数据的情况下生成html / pdf报告。

例如,让我们想象一下以下功能:

#' @title Nice Report
#' @description It generates a nice summary report
#' @param x data.frame with column `column_whatever`
#' @param y data frame with column `column_whatever`
#' @param outputFormat Output format: either `pdf`(default) or `html` 
#' @return Either html/pdf summary report
#' @keywords QC, report
#' @examples
#' render_a_nice_report(x = data_example1, y = data_example2)
#' @export
render_a_nice_report <- function(x, 
                                 y, 
                                 outputFormat = "pdf"){

    # do some stuff with x and y
    z <- merge(x, y, by=(column_whatever))

    # Nicely print the data frame:

    #' ### Head of table resulting from merging x and y

    knitr::kable(head(z))

    #' ### Title 1: Distribution of variable 1

    plot1 <- ggplot(z) + geom_density(aes(v1))

    print(plot1)

    #' Some description of the plot above

    # Do something else to z

    k <- mypackage::do_whatever(z)

    #' ### Title 2: Histogram of Variable Var2

    plot2 <- ggplot(k) + geom_histogram(aes(var2))

# and finish rendering the report
}

在一个函数中是否有可能做到这一点?

如果没有,我如何从包中的功能中完成类似的工作?使用RMD模板?但是如何运作?您能否提供一个现有R Package的示例,该示例具有执行以下操作的功能?

非常感谢

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