我在大约700,000列上重复了lm函数。我正在使用apply函数在数据的列上重复lm。然后,我需要提取所有pvalue。当我打印lm函数的摘要时,pvalue列在Pr(> | t |)下。
我尝试使用pvals <- sapply(result,"[[", "p.value")
,但结果为NULL。
这是现在打印3列lm摘要的代码(我正在使用一个较小的文件进行测试)。
result <- apply(dat4[,-c(1:27)], 2, function(x) {
summary(lm(x ~ total + age + female + diagnosis_MDD + diagnosis_BP))
})
result
这只是一列的输出:
$cg05451842
Call:
lm(formula = x ~ total + age + female + diagnosis_MDD + diagnosis_BP)
Residuals:
Min 1Q Median 3Q Max
-0.008621 -0.002647 0.001077 0.002979 0.006320
Coefficients:
Estimate Std. Error t value Pr(>|t|)
(Intercept) 2.658e-02 3.428e-03 7.753 1.72e-09
total -3.603e-04 1.007e-03 -0.358 0.7224
age -1.123e-04 6.765e-05 -1.659 0.1049
female 7.997e-04 1.268e-03 0.631 0.5318
diagnosis_MDD -3.487e-03 1.534e-03 -2.273 0.0285
diagnosis_BP -1.692e-03 1.586e-03 -1.067 0.2926
Signif. codes: 0 0.001 0.01 0.05 0.1 1
Residual standard error: 0.004242 on 40 degrees of freedom
Multiple R-squared: 0.1723, Adjusted R-squared: 0.06879
F-statistic: 1.665 on 5 and 40 DF, p-value: 0.1654
答案 0 :(得分:3)
tidy
软件包中的broom
函数通过为给定回归模型生成系数和p值的标准数据框,使此操作变得更加容易。您可以使用map_df
遍历整个回归摘要列表,并对每个模型运行tidy
函数,从而将所有模型的所有回归系数和相关的p值放入单个数据框中。列表元素:
library(broom)
library(tidyverse)
regression.results = map_df(result, tidy, .id="outcome.var")
如果只需要p值,则可以执行以下操作:
p.values = regression.results %>% select(outcome.var, term, p.value)
或者,一步一步完成:
p.values = map_df(result, ~tidy(.x) %>% select(term, p.value),
.id="outcome.var")
答案 1 :(得分:0)
您正在创建一个不同对象的列表。您可以通过以下方式致电给他们:
result[[i]]
您要做的就是从中获取p值。由于您需要Pr(> | t |),因此可以通过以下方式获得它们:
result[[i]]$coefficients[c(7,8)]