用于可视化100k顶点和1M边缘的Python工具？

Question

我正在寻找数据的可视化，希望能让它具有互动性。现在我正在使用NetworkX和Matplotlib，当我试图“绘制”图形时，它最大化了我的8gb。我不知道有哪些选项和技术可用于处理如此大的数据集* * 。如果有人能指出我正确的方向，那就太好了。我也有一个支持CUDA的GFX卡，如果它可以使用。

现在我正在考虑只绘制连接最多的节点，比如说边缘最多5％的顶点，然后在用户缩放或点击时填充连接较少的节点。

Answer 1

我对此没有任何经验，但似乎是tulip。

Answer 2

你应该在官方的wxPython邮件列表上询问。那里有人可以帮助你。我很惊讶matplotlib虽然无法做到这一点。它可能只需要您以某种方式重构代码。现在，在wxPython中绘制的主要方法是通过各种DC，一个FloatCanvas小部件或用于绘图，wx.Plot或matplotlib。

Answer 3

也许PyOpenGL？它可以与wxPython一起使用。

编辑：只是尝试了没有任何优化的性能，绘制100k顶点需要0.2s，绘制1M边缘需要4s。

Answer 4

您考虑过graphviz了吗？虽然它从一开始就设计用于处理非常大的图形（尽管1M边缘可能超出它的能力），但它不是交互式的。

有一个python模块（pydot）可以简单地与graphviz进行交互。再说一次，不能肯定它会扩展到你的水平。但是，应该很容易找到：两者的安装都很简单。

第h

Answer 5

您是否考虑过使用ParaView或VisIt？这是两个交互式绘图程序，旨在处理和绘制（非常！）大型数据集。它们都有一个Python脚本接口，因此您可以在Python解释器中自动化/控制可视化。

Answer 6

您是否尝试过Gephi？

我相信它的扩展性非常好。