用compare_means创建循环

Question

我正在尝试创建一个循环，以在数据帧的所有列中使用compare_means（R中的ggpubr库），然后仅选择有效的p.adjusted值，但效果不佳。

这是一些代码

head(df3)
sampleID    Actio   Beta    Gammes  Traw    Cluster2
gut10   10  2.2 55  13  HIGH
gut12   20  44  67  12  HIGH
gut34   5.5 3   89  33  LOW
gut26   4   45  23  4   LOW


library(ggpubr)
data<-list()
for (i in 2:length(df3)){
data<-compare_means(df3[[i]] ~ Cluster2,  data=df3, paired = FALSE,p.adjust.method="bonferroni",method = "wilcox.test") 
}
Error: `df3[i]` must evaluate to column positions or names, not a list

我想创建一个输出，以将数据与compare_means输出中包含的所有信息一起转换为数据帧 非常感谢

Answer 1

尝试一下：

library(ggpubr)
data<-list()
for (i in 2:(length(df3)-1)){
new<-df3[,c(i,"Cluster2")]
colnames(new)<-c("interest","Cluster2")
data<-compare_means(interest ~ Cluster2,  data=new, paired = FALSE,p.adjust.method="bonferroni",method = "wilcox.test") 
}