如何配置nlme以提供与lme相同的结果

Question

这个问题看起来很幼稚，但是我对nlme中R函数的配置感到困惑，无法获得与给定lme模型相同的结果。

Answer 1

这似乎起作用。请注意，method（lme（“ REML”）和nlme（“ ML”）的默认值是不同的...

m1 <- lme(distance ~ age, 
          random = ~ age |Subject, data=Orthodont, 
          method="ML")

nlme需要起始值-在此处作弊并使用lme中的值：

m2 <- nlme(distance ~ mu, 
           fixed = mu ~ age, 
           random = mu ~ age | Subject, 
           data=Orthodont, 
           start=list(fixed=fixef(m1)))

方差-协方差矩阵几乎相同。

> VarCorr(m1)
Subject = pdLogChol(age) 
            Variance   StdDev    Corr  
(Intercept) 4.81407327 2.1940996 (Intr)
age         0.04619252 0.2149244 -0.581
Residual    1.71620466 1.3100399       
> VarCorr(m2)
Subject = pdLogChol(list(mu ~ age)) 
               Variance   StdDev    Corr  
mu.(Intercept) 4.81408901 2.1941032 m.(In)
mu.age         0.04619255 0.2149245 -0.581
Residual       1.71620373 1.3100396