BayesFactor anovaBF语法

Question

我想获得与经典F检验类似的方差分析的贝叶斯因子，我只是想确保我正确理解了如何编写语法，尤其是关于主题ID。

例如，我有主体间自变量a_between和b_between，主体内变量c_within和d_within，因变量values，与subject_id一起识别每个主题；在数据集my_data中。

如果我理解正确，那么对于完整的方差分析，我应该使用：

  

anovaBF（values〜a_between * b_between * c_within * d_within + subject_id，data = my_data，whichModels =“ bottom”，whichRandom =“ subject_id”）＃并且我认为变量的顺序无关紧要，例如也可以是d_within * a_between * c_within * b_between + subject_id

仅针对受试者内部方差分析，我应该使用：

  

anovaBF（values〜c_within * d_within + subject_id，data = my_data，whichModels =“ bottom”，whichRandom =“ subject_id”）

对于仅受试者之间的方差分析，我应该使用：

  

anovaBF（values〜a_between * b_between，data = my_data，whichModels =“ bottom”，whichRandom =“ subject_id”）

因此，在最后一种情况下，我没有+subject_id-否则我得到Error in base::try(expression, silent = silent) : not enough observations。 （也许是因为每个subject_id仅一行吗？）

两个主要问题：

1. 不管原因如何，以上解决方案是否正确？
2. 如果解决方案正确，为什么我必须为主题内变量指定两次主题ID（一次为whichRandom，一次为+subject_id），为什么不指定主题ID？只是主题间变量？

（仅供参考，有一个与答案相关的问题，但不完全是我想知道的：https://stats.stackexchange.com/questions/230224/mixed-bayesian-anova-using-bayesfactor-package-in-r）

Answer 1

来自https://forum.cogsci.nl/index.php?p=/discussion/5203/bayesfactor-anovabf-syntax：

  

  

1. 通常，是的-但是我不确定您是否要使用whichModels = "bottom"-建议此处使用默认设置（whichModels = "withmain"）。另外，您实际上无法获得用于F测试的BF-因为BF始终是可比较的，因此，如果您希望针对每个“效果”使用BF，则需要考虑对哪个两个模型进行比较（例如层次回归）。或者，您可能希望尝试通过bayestestR::bayesfactor_inclusion()（相当于JASP的效果面板）来计算包含BF。

  

2. anovaBF根本不是一个方差分析，它实际上是一个线性混合模型。因此，您需要指定+subject_id，因为它是模型中的一种效果，但是您还需要告诉anovaBF这是随机效果（而不是固定效果）。

     

更多有用的链接：

https://forum.cogsci.nl/index.php?p=/discussion/2426/type-of-sums-of-squares

https://www.cogsci.nl/blog/interpreting-bayesian-repeated-measures-in-jasp

无论如何，我都会坚持将bayestestR::bayesfactor_inclusion()与match_models = TRUE一起使用；对我来说，这似乎是最直接的。