在原始图像上绘制点图案

Question

我有一个组织病理学图像，我使用发达的算法提取了感兴趣的细胞作为点模式。

现在我想在原始图像上绘制点图案，我的期望应该是这样的：

首先，我尝试使用R加载原始图像，但是，加载的图像与轴一起显示，并且如图所示没有网格线。所以我想知道如何复制如图所示的格式。 谢谢！ 有关图的“ fig”变量的信息：

Answer 1

您可以使用OpenCV和Python执行此操作：

（编辑：添加了垂直线）

import numpy as np
import cv2

# Load image
img = cv2.imread('your_image.jpg', cv2.IMREAD_COLOR)

# draw grid
spacing = 200
color = (255,0,255)  # magenta
linewidth = 5

# horizontal lines
ystart = 20
for i in range(3):
    x1, x2 = 0, img.shape[1]
    y = ystart + spacing * i
    cv2.line(img, (x1,y), (x2,y), color, linewidth)

# vertical lines
xstart = 60
for i in range(3):
    y1, y2 = 0, img.shape[0]
    x = xstart + spacing * i
    cv2.line(img, (x,y1), (x,y2), color, linewidth)


# create a bunch of locations for dots
num = 50
xs = np.random.randint(0,img.shape[1],num)
ys = np.random.randint(0,img.shape[0],num) 

# draw the dots on the image (use red so they stand out)
radius = 10
color = (0,0,255)
for i in range(num):
    cv2.circle(img,(xs[i],ys[i]), radius, color, -1)

cv2.imshow('image',img)
cv2.waitKey(0)
cv2.destroyAllWindows()

结果：

Answer 2

以下是使用EBImage包的R的建议解决方案。我之所以喜欢它，是因为它易于与图像进行交互。

# EBImage is required
  if (!require(EBImage)) {
    source("https://bioconductor.org/biocLite.R")
    biocLite("EBImage")
    library(EBImage)
  }

# Read the image and plot it with no borders, 300 ppi
  fn <- file.choose() # select saved image
  img <- readImage(fn)
  img <- channel(img, "gray") # gray scale for simplicity
  dev.new(width = dim(img)[1]/300, height = dim(img)[2]/300)
  plot(img)

此步骤利用了与R中的图形元素进行交互的便利性。这里，locator用于在网格线的交点处放置标记并记录x，y坐标。然后在假定图像的方向垂直和水平延伸的情况下，将网格线添加到图像中。

# Use locator() to interactively identify convenient intersections
  pp <- locator(type = "p", pch = 3, col = 2) # end with ctrl-click

如果仅选择沿对角线的交点，则以下代码不是必需的。此额外的代码可容纳任意数量的选择以确定唯一的网格线（只要选择包括每条网格线之一）。平均值将从多个选择中确定。

# Little more coding to extract and plot unique grid lines
  breaks <- lapply(pp, function(v) hist(v, plot = FALSE)$breaks)
  groups <- Map(cut, pp, breaks)
  pp <- Map(function(v, g) tapply(v, g, mean), pp, groups)
  pp <- lapply(pp, function(x) x[!is.na(x)]) # to re-use if needed

# Place grid lines on new image
  plot(img)
  abline(v = pp$x, h = pp$y, col = 2)

使用最简单的基本功能添加了网格线。如果需要，可以添加更复杂的行。为了说明其他可能性，此处放置了每条网格线的坐标（以像素为单位）。

  text(min(pp$x), pp$y, round(pp$y), col = 2, adj = c(1, -0.2))
  text(pp$x, max(pp$y), round(pp$x), col = 2, adj = c(0, 1.2))

结果（通过locator()进行了交互。