在计算R中两个SNPMatrics之间的kappa值时遇到问题。
我使用27个个人的810,000个SNP数据中的2个ped文件在R中制作了两个SNP矩阵值
(每个ped文件包含27行代表每个个体,超过810,000列代表SNP数据(等位基因),每个ped文件中的27个个体都是相同的个体数据,只是时间不同。)
我使用irr
包来计算两个SNP矩阵之间的kappa值。
irr::kappa2(cbind(matrix(q), matrix(w)))
在上面的代码中,q
和w
是两个SNP矩阵。但是会发生错误。
order(y)中的错误:'orderVector1'中未实现的类型'raw'
如何解决此问题? 还是有另一种方法来计算两个SNPMatrics之间的kappa值?