计算R中两个SNP矩阵之间的Kapp值

时间:2019-05-21 06:46:36

标签: r

在计算R中两个SNPMatrics之间的kappa值时遇到问题。

我使用27个个人的810,000个SNP数据中的2个ped文件在R中制作了两个SNP矩阵值

(每个ped文件包含27行代表每个个体,超过810,000列代表SNP数据(等位基因),每个ped文件中的27个个体都是相同的个体数据,只是时间不同。)

我使用irr包来计算两个SNP矩阵之间的kappa值。

irr::kappa2(cbind(matrix(q), matrix(w)))

在上面的代码中,qw是两个SNP矩阵。但是会发生错误。

  

order(y)中的错误:'orderVector1'中未实现的类型'raw'

如何解决此问题? 还是有另一种方法来计算两个SNPMatrics之间的kappa值?

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