Question

我有一个使用library(dplyr) df %>% select(Col1,`11`,`12`,everything()) Col1 11 12 110 1100 1 a 1 22 2 20 2 b 16 18 5 3库的python代码

igraph

并且我需要将其转换为import igraph edge = [(0, 6), (0, 8), (0, 115), (0, 124), (0, 289), (0, 359), (0, 363), (6, 60), (6, 115), (6, 128), (6, 129), (6, 130), (6, 131), (6, 359), (6, 529), (8, 9), (8, 17), (8, 115)] G = igraph.Graph(edges=edge, directed=False) G.vs['label'] = nodes G.es["weight"] = weights dendrogram = G.community_edge_betweenness() clusters = dendrogram.as_clustering() membership = clusters.membership out = pd.Series(membership, index=nodes)库，因为networkx最近已停产。

igraph

但是，import networkx as nx G = nx.Graph(edges) dendrogram = nx.edge_betweenness_centrality(G) clusters = nx.clustering(dendrogram) membership = clusters.membership out = pd.Series(membership, index=nodes)无法群集在dendrogram库中。有人可以帮助将networkx代码复制到igraph集群吗？

Answer 1

问题在于“集群”是指网络科学中的两种不同事物。它要么是指聚类系数（自我图中的三角形分数； nx.clustering），要么是指一组节点（又称为数据聚类，网络社区，节点分区等）。

在这种情况下，您使用igraph community_edge_betweenness()对节点进行分层聚类，然后切割树状图以通过dendrogram.as_clustering()创建节点分区。

networkx中的等效项是使用girvan_newman：

from networkx.algorithms.community.centrality import girvan_newman

nx_dendrogram = girvan_newman(G)
move_down_dendrogram = itertools.takewhile(lambda c: len(c) <= 4, nx_dendrogram)
for c in move_down_dendrogram:
    clustering_list = c
print(clustering_list)

membership = [0] * G.number_of_nodes()
for ic, cset in enumerate(clustering_list):
    for n in cset:
        membership[n] = ic
out = pd.Series(membership, index=nodes)

将igraph转换为networkx以进行集群

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