来自外部群集的NMI

时间:2016-11-09 12:35:06

标签: r igraph

我想比较不同聚类解决方案的规范化互信息。这些聚类解决方案来自不同的来源,但我想将它们与NMI进行比较。

我知道compare()中有igraph函数,但这需要对象属于类社区。

从帮助文件:使用各种指标比较社区结构。

现在是否有 as.communities as_communities 命令或某种方式来获取两个矩阵的NMI?

这会引发错误:

karate <- graph.famous("Zachary")

igraph_community <- cluster_infomap(karate)

v <- as.vector(V(karate))
external <- cbind (v, c(rep(1,10),rep(2,10),rep(3,14)) )

compare(igraph_community,external, method = "nmi" )

1 个答案:

答案 0 :(得分:3)

compare查找社区对象或向量。现在,你在external发送一个2 x n矩阵。将其子集仅限于社区成员资格的载体:

compare(igraph_community,external[,2], method = "nmi" )
[1] 0.3105313