Question

我正在使用以下代码来生成冗余分析（RDA）的散布图。该图仅针对一个物种，我正在对另外两个物种进行此分析（我没有显示其他两个物种的代码，因为它基本上是相同的）。

rda.plot.sap <- ggplot(df1, aes(x=RDA1, y=RDA2)) + 
  geom_point(aes(shape = df1[,"Enclos"], color = df1[,"Type_enclos"]), size = 2) +
  geom_hline(yintercept=0) + 
  geom_vline(xintercept=0) + 
  coord_fixed() + 
  scale_shape_manual(values = c(1, 19)) + 
  scale_color_manual(values=c('#999999','#E69F00'))  

rda.plot.sap <- rda.plot.sap + 
  geom_segment(data=df2, 
               aes(x=0, xend=RDA1, y=0, yend=RDA2), 
               color="red", arrow=arrow(length=unit(0.01,"npc")), size = 0.8) +
  geom_text(data=df2, 
            aes(x=RDA1, y=RDA2, label=rownames(df2), 
                hjust=0.5*(1-sign(RDA1)) + hjust_sap_x,
                vjust=0.5*(1-sign(RDA2) + vjust_sap_x)), 
            color="red", size=5)

rda.plot.sap <- rda.plot.sap + 
  geom_segment(data=df3, 
               aes(x=0, xend=RDA1, y=0, yend=RDA2), 
               color="blue", arrow=arrow(length=unit(0.01,"npc")), size = 0.8)+ 
  geom_text(data=df3, 
            aes(x=RDA1, y=RDA2, label=rownames(df3), 
                hjust=0.5*(1-sign(RDA1)),
                vjust=0.5*(1-sign(RDA2))), 
            color="blue", size=5)

rda.plot.sap <- rda.plot.sap + 
  theme(panel.background = element_blank(), 
        axis.title = element_text(size = 20), 
        axis.line.x = element_line(color="black", size = 1),
        axis.line.y = element_line(color="black", size = 1),
        axis.text = element_text(size = 15), 
        legend.title = element_blank(), 
        legend.text = element_text(size = 15),
        legend.key=element_blank(),
        legend.position = c(0.15, 0.9)) + 
  xlim(c(-0.6, 0.4))  

rda.plot.sap <- rda.plot.sap + 
  xlab(paste("RDA1 (", var.rda1, " % - p = ", p.rda1, ")", sep = "")) + 
  ylab(paste("RDA2 (", var.rda2, " % - p = ", p.rda2, ")", sep = ""))

代码工作得很好，并且我获得了三个独立的图，没有任何错误或警告。问题是，当我尝试使用cowplot软件包的功能plot_grid组装这三个图时：

final_plot <- plot_grid(rda.plot.sap, rda.plot.epi, rda.plot.het, 
                        nrow = 1, ncol = 3, labels = c("A", "B", "C"))

我总是得到相同的简单错误：

“错误：美学必须为长度1或与数据相同（27）：形状，颜色”。

即使是陌生人，在遇到此错误后，如果我想再次运行某个地块（仅一个物种）的代码，也会遇到相同的错误。

这是我的第一篇文章，所以我希望我对问题的描述足够准确。我很茫然，无法理解这里发生的事情，所以在此先感谢任何可以提供帮助的人。

Answer 1

我不确定为什么，但是从labels中删除plot_grid()参数通常可以解决此问题。（您只需要使用geom_text()或ggtitle()将标签分别添加到每个图。）

Answer 2

根据针对此 gist 的评论，该问题与自定义主题有关，未设置 plot_grid 用于标签所需的美学。请参阅以下修复：

final_plot <- plot_grid(rda.plot.sap, rda.plot.epi, rda.plot.het, 
                        nrow = 1, ncol = 3, labels = c("A", "B", "C"),
                        label_fontfamily = "Times", label_colour = "black")

用Cowplot :: plot_grid组装图时出错

2 个答案: