一个地块上的曼哈顿地块和连锁不平衡热图

Question

我想在波纹管上绘制类似的图形。我需要将曼哈顿图结果和链接不平衡热图结果整合到一个图上。有什么知道该怎么做的吗？

在下面的图片中，它是针对两个基因完成的，我只针对一个基因进行了

manh.txt数据看起来像这样，以生成曼哈顿图：

         SNP CHR       BP            P
1 rs1029830  17 17280783 0.0100877100
2 rs1029830  17 17280783 0.0100877100
3 rs1029832  17 17281431 0.0066054630
4 rs1029832  17 17281431 0.0066054630
5 rs1047799  17 17192173 0.0004173205
6 rs1047799  17 17192173 0.0004173205
...

我使用manh.txt的rs number列生成链接不平衡热图，我使用了this网站，并从那里下载了我的R2文件，命名为LD_matrix_466，然后：

library(gaston)


ld.x1=read.table("LD_matrix_466.txt", header=T)

LD.plot( ld.x1[1:20,1:20], snp.positions = x@snps$pos[1:20],graphical.par = list(cex = 1.3, bg = "gray"), 
     polygon.par = list(border = NA))

然后我得到了

要去曼哈顿，我会用：

library(qqman)
m=read.table(manh.txt, header=T)
manhattan(m, chr="CHR", bp="BP", snp="SNP", p="P",annotatePval = 0.01,xlim=c(16975756,17326059))

我得到了这张图：

现在的问题是如何对齐Heatmap和Manhattan的结果，就像我在网上找到的第一张图所示。

更新

我对齐它以寻找RS位置，其中我的SNP弹出显着性水平，然后选择LD矩阵的相应部分

如此：

LD.plot(ld.x1[40:60,40:60], snp.positions = x@snps$pos[40:60],graphical.par = list(cex = 1.3, bg = "gray"), polygon.par = list(border = NA))
manhattan(mm, chr="CHR", bp="BP", snp="SNP", p="P",annotatePval = 0.01,xlim=c(17019118,17058585))

我得到了这张图（用绿线在photoshop中添加了它们）：

如果有人有更好的解决方案，请分享。