Question

我正在尝试通过graph-tool库（靠近10 ^ 6-10 ^ 7顶点）创建大型图形，并用顶点名称填充顶点属性或使用名称而不是顶点索引。我有：

名称列表：
```
['50', '56', '568']
```

一组边，但不是顶点索引，而是它们的名称：

edge_list = {frozenset({'568', '56'}), frozenset({'56', '50'}), frozenset({'50', '568'})}

由于add_edge_list()允许创建顶点（如果它们在图中没有这样的顶点）。我正在尝试使用它来填充一个空图。它可以正常工作，但是当我尝试通过名称获取顶点时，出现一个错误，即没有具有该索引的顶点。

这是我程序的代码：

g = grt.Graph(directed=False)
edge_list = {frozenset({'568', '56'}), frozenset({'56', '50'}), frozenset({'50', '568'})}
ids = ['50', '56', '568']
g.add_edge_list(edge_list, hashed=True, string_vals=True)
print(g.vertex('50'))

print(g.vertex('50'))的错误消息：

ValueError: Invalid vertex index: 50

我要创建图形：

仅使用edge_list；
可以通过名称快速访问顶点；
按时间最佳（如果可能的话，还有RAM）。

有什么好办法吗？

编辑：当前代码：

g = grt.Graph(directed=False)
g.add_vertex(len(ids))
vprop = g.new_vertex_property("string", vals=ids)
g.vp.user_id = vprop  
for vert1, vert2 in edges_list:
    g.add_edge(g.vertex(ids_dict[vert1]), g.vertex(ids_dict[vert2]))

Answer 1

如果您有一个具有10 ^ 6-10 ^ 7个顶点的密集图（是一些医学数据还是社交图？它可以改变所有内容），则不应使用{{1} }，因为它是用纯Python编写的，因此比networkx或graph-tool慢10-100倍。对于您的情况，我建议您使用igraph。这是最快的（〜graph-tool）Python图形处理库。

igraph的行为不同于graph-tool。创建networkx节点时，其标识符就是您在节点构造函数中编写的内容，因此可以通过其ID获取该节点。在graph-tool中，每个顶点ID是1到GRAPH_SIZE之间的整数：

图中的每个顶点都有一个唯一索引，该索引始终在0到N-1之间，其中N是顶点数。可以通过使用图形的vertex_index属性（这是一个属性映射，请参阅属性映射）或将顶点描述符转换为int来获得此索引。

关于图形，顶点或边的所有其他信息都存储在property maps中。当您将networkx与.add_edge_list()一起使用时，新的属性映射将作为hashed=True的结果返回。因此，在您的情况下，应该这样处理顶点：

.add_edge_list()

如果要根据ID获取顶点，则应手动构造映射字典（好吧，我不是# Create graph g = grt.Graph(directed=False) # Create edge list # Why frozensets? You don't really need them. You can use ordinary sets or tuples edge_list = { frozenset({'568', '56'}), frozenset({'56', '50'}), frozenset({'50', '568'}) } # Write returned PropertyMap to a variable! vertex_ids = g.add_edge_list(edge_list, hashed=True, string_vals=True) g.vertex(1) Out [...]: <Vertex object with index '1' at 0x7f3b5edde4b0> vertex_ids[1] Out [...]: '56'专家，但我找不到简单的解决方案）：

graph-tool

因此您可以轻松获得顶点索引：

very_important_mapping_dict = {vertex_ids[i]: i for i in range(g.num_vertices())}

使用add_edge_list（）方法创建图形的最佳方法是什么？

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