如何使用R来计算Tanimoto / Jacquard Score作为距离矩阵

Question

我想用Tanimoto / Jacquard Score作为距离矩阵来计算R中数组中行的距离矩阵。

有可能吗？如果是的话，你能介意教我怎么做吗？

Answer 1

vegan包具有vegdist函数，可以计算Jaccard索引等。假设这就是你所追求的。它的使用非常简单。

library(vegan)
data(varespec)
vare.dist <- vegdist(varespec, method = "jaccard")

其他可用的方法是

method   Dissimilarity index, partial match to "manhattan", "euclidean",
 "canberra", "bray", "kulczynski", "jaccard", "gower", "altGower", "morisita",
 "horn", "mountford", "raup" , "binomial" or "chao"

Answer 2

我认为你会有更多的运气寻找＆＃34; Jaccard＆＃34;而不是＆＃34; Jacquard＆＃34;。

• 安装＆＃39; sos＆＃39;包（install.packages("sos")）
• 使用这些字符串（library(sos); findFn("tanimoto jaccard")）搜索函数。
• 查看合适的搜索结果（我认为this可能是您的最佳选择; install.packages("ade4"); library("ade4"); ?dist.binary）
• 如果您无法弄清楚如何使用它，请编辑您的问题，给出一个可重复的小例子。