距离矩阵的轮廓分数

时间:2018-07-09 11:01:52

标签: python pandas hierarchical-clustering silhouette

我创建了一个距离矩阵(dist_matrix)nXn(类型numpy.ndarray) 我使用链接函数(Z)执行了层次聚类 下一步,我要为角质层的每个选项(针对簇数的所有选项)计算silhouette_score。

代码:

Z = linkage(squareform(dist_matrix), method='single')
cutree = cut_tree(Z, n_clusters=[2]) #just one option of 2 clusters
silhouette_score(dist_matrix, cutree, metric="precomputed")

运行最后一条命令(轮廓分数)时,我得到警告:

A column-vector y was passed when a 1d array was expected. Please change the shape of y to (n_samples, ), for example using ravel().

知道为什么吗? 我确实看到了silhoette_score的结果,尽管出现警告,我也可以使用它吗?

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