Question

我正在使用spatstat v.1.59-0构建一些点流程模型，但是某些验证工具（特别是effectfun和残差图parres

模型的组成部分是rings_pp，它由52个考古点的点位置组成； elev是将DEM转换为spatstat像素图像。我正在尝试使用Area Interaction参数（AreaInter）和elev

评估Gibbs点过程模型的拟合度

我使用以下代码使模型适合数据：
rr1 <- data.frame(r=seq(100, 2000, by=50)) p1 <- profilepl(rr1, AreaInter, rings_pp~elev, aic=T) ppm5 <- as.ppm(p1)

除我尝试使用effectfun和parres来评估海拔协变量的效果外，其他所有方法似乎都可以正常工作（例如，其他诊断表明该模型与数据合理匹配），他们不会工作。

parres给出错误Error in m[, d$relevant, drop = FALSE] : (subscript) logical subscript too long，当我追溯错误时，我得到以下信息：

`> trace(parres(ppm5, "elev"))
Error in m[, d$relevant, drop = FALSE] : 
  (subscript) logical subscript too long
> traceback()
4: effectFun.can(x)
3: effectFun(xxx)
2: parres(ppm5, "elev")
1: trace(parres(ppm5, "elev"))`

effectfun在se.fit=FALSE时有效，但在se.fit=TRUE时无效，并给出以下错误：Error in quadform(mm, vc) : ncol(x) == nrow(v) is not TRUE当我追溯错误时，得到以下信息：

`> trace(plot(effectfun(ppm5, "elev", se.fit=T)))
Error in quadform(mm, vc) : ncol(x) == nrow(v) is not TRUE
> traceback()
8: stop(simpleError(msg, call = sys.call(-1)))
7: stopifnot(ncol(x) == nrow(v))
6: quadform(mm, vc)
5: predict.ppm(orig.model, locations = fakeloc, covariates = fakecov, 
   se = se.fit)
4: predict(orig.model, locations = fakeloc, covariates = fakecov, 
   se = se.fit)
3: effectfun(ppm5, "elev", se.fit = T)
2: plot(effectfun(ppm5, "elev", se.fit = T))
1: trace(plot(effectfun(ppm5, "elev", se.fit = T)))`

当我拟合非均匀模型ppm1 <- ppm(rings_pp, ~elev)时，effectfun和parres都可以正常工作并显示出良好的拟合度（尽管使用残差K函数Kres则表明模型是“ t考虑集群）。因此，这似乎与我如何适应Gibbs AreaInter模型有关。

任何建议将不胜感激。

Answer 1

再次感谢您提出一个明确的问题。

这是一个错误，可以通过简单的示例进行演示

fit <- ppm(cells ~ x, AreaInter(0.07))
plot(effectfun(fit, se.fit=TRUE))
plot(parres(fit))

我会尽快调查并修复它。

后记：此问题已在the GitHub repository上的spatstat（版本1.59-0.020）的开发版本中得到解决

。

Gibbs区域互动模型的效果乐趣和验证错误

1 个答案: