吉布斯在R和C ++中的抽样

Question

我检查了不同编程语言的gibbs采样;在R

  x <- rgamma(1,3,y*y+4)
  y <- rnorm(1,1/(x+1),1/sqrt(2*(x+1)))

在c ++中

  x = R::rgamma(3.0,1.0/(y*y+4));
  y = R::rnorm(1.0/(x+1),1.0/sqrt(2*x+2));

如果它使用R函数，为什么它在c ++中有所不同，因为rgamma没有n =观察次数，它采用比例而不是速率作为默认输入，而rnorm也没有n =观察次数。

对于Rcpp，它完全不同，例如;

 y = ::Rf_rnorm(1.0/(x+1),1.0/sqrt(2*x+2));

Answer 1

你的问题是什么？

R::rgamma()也来自Rcpp。它可以方便地包装C级非命名空间::Rf_rnorm()。

请注意，您还拥有 vectorised Rcpp::rnorm() - 并且Darren Wilkinson在首次发布后有大量的Gibbs Sampler示例。我们最好的例子可能是this page at the Rcpp Gallery。

编辑：由于您明显对shape = 1/rate参数化感到困惑，这里有一个完整且有用的示例：

我们编译一个方便的R函数，首先通过Rcpp调用C ++：

R> cppFunction("NumericVector callrgamma(int n, double shape, double scale) { 
+                  return(rgamma(n, shape, scale)); }")
R>

然后我们打电话给R，确保我们修理种子：

R> set.seed(42); rgamma(3, 2.0, 2.0)   # calling R
[1] 1.824478 0.444055 0.779610
R>

现在，使用相同的种子，我们称之为C ++函数，我们确保尊重＆＃34; 1 / over＆＃34;重新参数化：

R> set.seed(42); callrgamma(3, 2.0, 1/2.0)   # calling Rcpp
[1] 1.824478 0.444055 0.779610
R>