将R函数多次应用于一个数据集，但每次更改一个参数的值

Question

我想编写/应用一个函数，该函数在数据集（美洲虎）上重复LD2包中的pegas函数，但是每次都更改'locus'参数的值。 'locus'参数接受长度为2的向量（例如c（1,2），c（2,3），c（77,78）等）。

例如，我希望代码先运行loci.pairs[[1]]，然后运行loci.pairs[[2]]，loci.pairs [[3]]等，然后将结果输出为列表。

我尝试使用lapply，for循环和while循环执行此操作，但是遇到了错误（请参见下文）：

加载库和数据

library(adegenet)
library(pegas)
data("jaguar")

创建一个成对的基因座列表

loci.pairs = combn(seq(1,ncol(jaguar)-1), 2, simplify = FALSE)
loci.pairs[[1]]

比较loci.pairs列表中的每对基因座

LD2(jaguar, locus=c(1,2), details=FALSE)
LD2(jaguar, locus=loci.pairs[[1]], details=FALSE)
LD2(jaguar, locus=loci.pairs[[2]], details=FALSE)
LD2(jaguar, locus=loci.pairs[[3]], details=FALSE)
LD2(jaguar, locus=loci.pairs[[4]], details=FALSE)
LD2(jaguar, locus=loci.pairs[[78]], details=FALSE)

不适当地（错误）

lapply(jaguar, function(x) LD2(jaguar, locus=loci.pairs[[x]], details=FALSE))

  

loci.pairs [[x]]中的错误：递归索引在级别2失败

Answer 1

lapply函数具有不同的语法。试试这个：

lapply(loci.pairs, function(x) LD2(jaguar, locus=x, details=FALSE))

lapply的第一个参数包含要迭代的列表。 由于要遍历组合，因此必须使用lapply(loci.pairs...)而不是lapply(jaguar,...)。

从本质上讲，对lapply的此调用（就输出而言）等效于以下循环：

result_list = list()
for (i in 1:n) {
   result_list[[i]] <-  LD2(jaguar, locus=loci.pairs[[i]], details=FALSE)
}