合成DICOM中的空气

Question

我正在使用Insight Toolkit生成合成DICOM图像（使用itk :: GDCMImageIO），我发现了两个问题：

1. VolView无法加载我的DICOM（显示消息：抱歉，无法读取该文件）。 ITK-Snap打开并显示确定。
2. 我正试图在Stryker手术导航仪中使用这个图像。问题是图像加载正常，但填充像素显示在某个灰度级，显示图像的框（实际上是边界框）。如果我加载非合成DICOM，则不会发生这种情况。

这就是gdcminfo展示的内容：

MediaStorage is 1.2.840.10008.5.1.4.1.1.7 [Secondary Capture Image Storage]
TransferSyntax is 1.2.840.10008.1.2.1 [Explicit VR Little Endian]
NumberOfDimensions: 2
Dimensions: (33,159,1)
Origin: (0,0,0)
Spacing: (1,1,1)
DirectionCosines: (1,0,0,0,1,0)
Rescale Intercept/Slope: (0,1)
SamplesPerPixel    :1
BitsAllocated      :16
BitsStored         :16
HighBit            :15
PixelRepresentation:0
ScalarType found   :UINT16
PhotometricInterpretation: MONOCHROME2 
PlanarConfiguration: 0
TransferSyntax: 1.2.840.10008.1.2.1
Orientation Label: AXIAL

我在itk :: Image对象中使用无符号short作为像素类型，我将所有填充像素设置为0（零），如DICOM标准对无符号标量图像所建议的那样。 gdcminfo没有显示它，但我也将Pixel Padding（0028,0120）字段设置为零。

我真的很感激任何关于这个问题的暗示。

提前致谢，

费德里科

Answer 1

经过大量的实验，我会回答我自己的问题。我发现如果DICOM文件的类型是CT，一些DICOM读者直接假设你正在使用Hounsfield量表。在这种情况下，您必须使用short作为像素类型并使用-1024作为空气（在Hounsfield比例中小于-1000是空气），并且它将使图像正常。我一直在试验的这些阅读器不使用Pixel Padding字段，也不使用Rescale Intercept / Slope。但是如果您使用ITK-Snap / VolView / 3DSlicer，如果您指定这些字段，则不会有任何问题。

Answer 2

Dicom是一种非常棘手的文件格式。您需要仔细阅读并理解可视化平台，存储平台以及您尝试合成的医学图像类型的约定。

这很可能不是工具包的错误，而是文件格式本身定义的错误。