我的组件功能比给定的数据短得多

时间:2019-04-10 00:20:28

标签: r pca prcomp

我正在尝试对140多个时间点和空间上的海带种群数据进行PCA。但是,我的主要组件函数中只有38个点,而我的数据却有140个点。PC函数不应该与您给prcomp的数据行数一样长吗?

我已经在非常相似的数据矩阵上使用了这个确切的代码,就像数据一样,PC函数中有140个点。

setwd("C:/Users/hamiltsa/Desktop/OSU/Kelp/Data2")

#Import my dataframe with 140 rows (timepoints) and 13 columns (measurements for each segment of coastline)
d = read.csv("Kelp_segments_quarters_maxes_wide.csv")
head(d)
   Seg1 Seg6 Seg7  Seg8  Seg15 Seg17  Seg18 Seg28 Seg32 Seg36 Seg38 Seg44 Seg53
1    NA   NA   NA    NA     NA    NA     NA    NA    NA    NA    NA    NA    NA
2  7362 1341  297 11664   9045 14301   8109     0   567     0 17001  2412  1152
3 13788 2160 1665 37611 170568 30501 292887     0     0     0     0   324     0
4    NA   NA   NA    NA     NA    NA     NA    NA    NA    NA    NA   459     0
5  3942    0    0  8325  30951    NA   2799     0     0    NA   567   144  1017
6    NA   NA    0  4446   7632 32571  10188     0     0     0 13932  3906     0

PCA2 = prcomp(na.omit(d3), scale = TRUE, center = TRUE) #Don't need to set scale = TRUE because all variables have some units (i.e percent cover)
summary(PCA2)
plot(PCA2$x[,'PC1'], type = "l")

当我绘制我的PCA的第一台PC时,我希望它显示具有140个时间点的功能。但是,它显示具有38个时间点的功能。我是误解了PCA的工作原理还是我的代码有问题?

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