Question

我想使用limma的{{3}}功能。

文档示例运行正常：

A <- runif(1000,4,16)
y <- A + matrix(rnorm(1000*3,sd=0.2),1000,3)
status <- rep(c(0,-1,1),c(950,40,10))
y[,1] <- y[,1] + status
plotMA(y, array=1, status=status, values=c(-1,1), hl.col=c("blue","red"))

现在，我想访问用于绘图的基础数据，因为我想在不同的上下文中使用数据，而不仅仅是绘图。我目前看不到访问数据的方法。当然，我可以自己实现该方法，仅使用数据，但这感觉是错误的。

是否可以访问用于MA图的基础数据？

Answer 1

通过查看plotMA的代码，我们看到创建了多个变量并将其用于绘图。但是，这些变量不会返回。

您现在可以复制并粘贴函数以编写自己的函数，该函数将绘制并返回数据。但是，这很容易出错，如果有新版本的功能，您可能会依赖于旧代码。

因此，您可以使用trace向plotMA插入任意代码，特别是一些将数据存储在全局环境中的代码。我通过一个玩具示例来说明这个想法：

f <- function(x) {
   y <- x + rnorm(length(x))
   plot(x, y)
   invisible()
}

如果我们想在此功能中使用y，我们可以做类似的事情

trace(f, exit = quote(my_y <<- y))
# [1] "f"
ls()
# [1] "f"
f(1:10)
# Tracing f(1:10) on exit 
ls()
# [1] "f"    "my_y"

现在我们可以访问my_y。

您应该做什么：

看一下plotMA的代码
确定所需的数据部分（例如x，y和sel）
使用trace(plotMA, exit = quote({my_data <<- list(x, y, sel)}), where = asNamespace("limma"))
运行plotMA
通过my_data

注意。签出?trace以完全了解它的可能性。特别是，如果您不想在代码末尾（exit处注入代码，而是在另一个位置（可能是因为中间变量被覆盖并且需要第一个结果）注入代码，则需要使用{{1 at

的}}参数

更新

也许最简单的方法是获取函数中定义的所有局部变量的完整转储：

trace

如何获得MA图的基础数据？

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