Question

这是我第一次尝试使用Low-Level commands通过MATLAB从头创建HDF5文件。

我的问题是我很难将数据写入数据集中数据类型的每个特定成员。

首先，我创建一个新的HDF5文件，并设置正确的组图层：

new_h5 = H5F.create('new_hdf5_file.h5','H5F_ACC_TRUNC','H5P_DEFAULT','H5P_DEFAULT');
new_h5 = H5G.create(new_h5,'first','H5P_DEFAULT','H5P_DEFAULT','H5P_DEFAULT');
new_h5 = H5G.create(new_h5,'second','H5P_DEFAULT','H5P_DEFAULT','H5P_DEFAULT');

然后，我创建我的数据类型：

datatype = H5T.create('H5T_compound',20);
H5T.insert(datatype,'first_element',0,'H5T_NATIVE_INT');
H5T.insert(datatype,'second_element',4,'H5T_NATIVE_DOUBLE');
H5T.insert(datatype,'third_element',12,'H5T_NATIVE_DOUBLE');

然后，将其格式化为数据集：

new_h5 = H5D.create(new_h5,'location',datatype,H5S.create('H5S_SCALAR'),'H5P_DEFAULT');
subset = H5D.get_type(H5D.open(new_h5,'/first/second/location'));
mem_type = H5T.get_member_type(subset,0);

我收到以下命令错误：

H5D.write(mem_type,'H5ML_DEFAULT','H5S_ALL','H5S_ALL','H5P_DEFAULT',data);

使用hdf5lib2时出错

遇到未处理的HDF5类（H5T_NO_CLASS）。无法写入该属性或数据集。

所以，我改用这种方法：

new_h5 = H5D.create(new_h5,'location',datatype,H5S.create_simple(2,dims,dims),'H5P_DEFAULT'); %where dims are the dimensions of all matrices of data structure
H5D.write(mem_type,'H5ML_DEFAULT','H5S_ALL','H5S_ALL','H5P_DEFAULT',data); %where data is a structure

我收到以下命令错误：

H5D.write(mem_type,'H5ML_DEFAULT','H5S_ALL','H5S_ALL','H5P_DEFAULT',data);

使用hdf5lib2时出错

试图向库缓冲区或从库缓冲区传输太多值。

在here中查找错误消息的XML标签时，它将上述错误描述为“ illegalArrayAccess”。显然，根据this question，您只能写入4个成员，而缓冲区不会引发错误？

这是正确的吗？如何正确写信给每个成员。我将尽力解决这个问题。

EDIT ：

此处保留参考以获取一般信息：

HDF5 Compound Datatypes Example

HDF5 Compount Datatypes

H5D.write MATLAB Command

Answer 1

我发现了为什么我不能写数据。我已经解决了问题。我的尺寸设置不正确（这是我最初忘记包含的代码）。我很抱歉。我的尺寸是这样的：

FeeX

暗处是15x250的矩阵。错误在于缓冲区无法为每个成员写入250x15矩阵，因为每个成员只有250x1的数据。

以下代码将（通常）用于将数据写入每个成员：

dims = fliplr(size(data_matrix));

其中new_h5 = H5F.create('new_hdf5_file.h5','H5F_ACC_TRUNC','H5P_DEFAULT','H5P_DEFAULT'); new_h5 = H5G.create(new_h5,'first','H5P_DEFAULT','H5P_DEFAULT','H5P_DEFAULT'); new_h5 = H5G.create(new_h5,'second','H5P_DEFAULT','H5P_DEFAULT','H5P_DEFAULT'); datatype = H5T.create('H5T_compound',20); H5T.insert(datatype,'first_element',0,'H5T_NATIVE_INT'); H5T.insert(datatype,'second_element',4,'H5T_NATIVE_DOUBLE'); H5T.insert(datatype,'third_element',12,'H5T_NATIVE_DOUBLE'); dims = fliplr(size(data_matrix)); dims = [1 dims(1,2)]; new_h5 = H5D.create(new_h5,'location',datatype,H5S.create_simple(2,dims,dims),'H5P_DEFAULT'); H5D.write(new_h5,'H5ML_DEFAULT','H5S_ALL','H5S_ALL','H5P_DEFAULT',data_structure);是包含所有数据的15x250矩阵，而data_matrix是包含15个字段的结构，每个字段的大小为250x1。

通过MATLAB

1 个答案: