Question

在软件包开发中，每个示例需要<5s。但是，一对stan_model()和rstan::sampling()花费的时间超过5秒，如下所示：

    Examples with CPU or elapsed time > 5s
                     user system elapsed
   fit               1.25   0.11   32.47

因此，我将每个\donttest{}的{{1}}放入roxygen注释rstan::sampling()

在示例#'@examples中，我们不应该运行#'@examples或进行任何处理？

当我向您传授知识时，我曾尝试根据代码sampling()创建我的软件包（谢谢!!），但是，我对此并不了解。

以前，rstan_package_skeleton(path = 'BayesianAAA')在我的计算机上启动了错误（但现在不会发生错误）。因此，我制作的包装没有rstan_package_skeleton(path = 'BayesianAAA')，例如rstan_package_skeleton()，在原始制作中，我放入了BayesianAAA，Model_A.stan，Model_B.stan。 ..在Model_C.stan中，我的stan文件如下：

inst/extdata

我对代码scr <- system.file("extdata", "Model_A.stan", package="BayesianAAA") scr <- rstan::stan_model(scr)有很多疑问。

1）第一个问题是如何包括我现有的stan文件以及如何为我的rstan_package_skeleton(path = 'BayesianAAA')文件引用.stan？根据下一页的页面，它说

如果程序包中包含现有的.stan文件，则可以使用rstan_package_skeleton的可选rstan::stan_model()参数来包含它们。

所以，我想我应该执行，我不确定，但是需要以下类似方式；

stan_files

但是我不知道如何在没有`rstan_package_skeleton(path = 'BayesianAAA', stan_files = "Model_A.stan" )`.的现有程序包中编写几个stan文件的代码，例如Model_A.stan，Model_B.stan，Model_C.stan。我不明白，但是以下代码正确吗？由于我没有将变量rstan_package_skeleton()中描述的文件反映在stan_files创建的新项目中。

rstan_package_skeleton()

在这里，另一个问题出现了，

2）第二个问题：我在哪里执行代码`rstan_package_skeleton(path = 'BayesianAAA', stan_files = c("Model_A.stan",`Model_B.stan`,`Model_C.stan` )`.？我在现有套件项目中的R Studio控制台中执行它。这是对的吗？然后，出现了新项目，它包含了旧的现有项目。我该怎么办？

https://cran.r-project.org/web/packages/rstantools/vignettes/minimal-rstan-package.html

3）我不太了解软件包“ rstanarm ”，但是我尝试为我的软件包模仿它，但是不能对任何{{1 }}文件中，我错了吗？

对我的英语不好，以及对这些事情缺乏学习感到抱歉。如果您能告诉我，我将不胜感激。

Answer 1

通常不应该编写在运行时调用stan_model的程序包，除非像 brms 或 tmbstan 那样在运行时生成Stan程序静态地编写它。 CRAN上有许多软件包，它们基本上是按照为 rstanarm 开发的构建过程来提供经过编译的Stan程序的，rstantools::rstan_package.skeleton函数，step-by-step guide和developer guidelines可以直接解决您的问题

CRAN策略允许较长的安装时间，但对示例和单元测试所用的时间施加了限制，该限制比编译一个简单的Stan程序所花费的时间要短得多。因此，只有在预编译了Stan程序的情况下，才有可能对它进行充分的测试。

即使那样，也可能很难在5秒内从后验分布中进行采样（因此），因此您经常不得不使用小的数据集，一个链，少量的迭代等。

最好将Stan程序的名称（应以.stan扩展名结尾，否则不使用句点，并且名称中仅包含ASCII字母，数字和下划线）传递给{{1} }。如果从RStudio这样做，那么我将不在现有项目中调用它。然后

在安装过程中，所有Stan程序都将被编译并保存在列表rstantools::rstan_package_skeleton()中，然后可由软件包中的R函数使用。规则是将根据stanmodels中的模型代码编译的Stan程序存储为列表元素src/stan_files/foo.stan。

有数十个R软件包的stanmodels$foo目录中都有Stan程序（尽管Stan程序的位置将移至src/stan_files，以用于下一个 rstantools 发布），大多数情况下只是遵循了渐晕，除了编写更多的R函数外，无需执行任何其他步骤。

rstan（）不应在＃'@ example中运行吗？

1 个答案: