有效数

Question

在盖尔曼书中，有效数字是根据以下定义的；

1. R帽子
2. 在MCMC方差序列B和W之间-
3. 由n表示的MCMC样本数
4. 链数，用m
表示

我不知道samplig()如何计算情况chains=1的MCMC之间的方差序列。因此，我无法计算这些项（B，W，m）。我想根据该论文实现一些算法：https://arxiv.org/abs/1804.06788。

粗略地说，本文构建了一些检验统计量，这些统计量在MCMC采样正确的零假设下均匀分布。如果MCMC采样不正确，则测试统计数据的直方图将变为歪斜形状，并且这种偏离均匀性的现象告诉我们MCMC包含偏差。我想实施，但需要计算以上数量。

在rstan中，是否存在提取上述数量的功能？我认为，R帽统计的计算过程中，上述数量B,W, m保留在stanfit S4对象中的某个位置。

很抱歉，我找到了n_eff，但是我不知道案件m的{​​{1}}的选择。

Answer 1

在仅估计一个链的情况下（无论如何都不应该发生），则m = 2，因为来自单个链的预热后绘制被分为上半部分和下半部分。 documentation中讨论了这种拆分方法。