Question

我有一个很大的Dataset，数据组装中心希望在其中添加一个新变量idstring，其中具有一个新维度idstring_len。（我不知道他们为什么要把它作为一个新变量而不是一个属性，但是...）

我有

import xarray as xr import numpy as np ds = xr.Dataset() ds['time'] = ('time', np.arange(1000)) ds['boo'] = ('time', np.randome.randn(1000)) # File is saved in here, then `open_dataset` to get it again. ds['idstr_len'] = ('idstr_len', 50) ds['idstring'] = ('idstr_len', 'my_helpful_ID_string')

但这给了我ds['idstr_len'] = ...：

ValueError: dimensions ('idstr_len',) must have the same length as the number of data dimensions, ndim=0

因此，我确定有一个很好的方法可以在数据集后添加维度，但是我不确定它是什么。

编辑：对于更多上下文，他们建议在原始netcdf中执行此操作的方式是：

TRAJECTORY_STRING = 'glider-YYYYmmddTHHMM' trajectory = nc.createDimension('traj_strlen', len(TRAJECTORY_STRING)) trajectory = nc.createVariable('trajectory', 'S1', ('traj_strlen',))

我想我可以在事实发生后使用原始的netcdf接口完成所有这些操作。

Answer 1

如果将带有字符串变量的数据集写入netCDF文件，则xarray实际上会创建一个虚拟字符串长度尺寸，例如，请考虑：

import xarray
ds = xarray.Dataset({'idstring': 'my_helpful_ID_string'})
ds.to_netcdf('mydata.nc')

ncdump显示该数据具有伪维度string20：

$ ncdump mydata.nc
netcdf mydata {
dimensions:
    string20 = 20 ;
variables:
    char idstring(string20) ;
        idstring:_Encoding = "utf-8" ;
data:

 idstring = "my_helpful_ID_string" ;
}

这是必需的，因为netCDF的字符类型仅表示单个字符。

Xarray不能直接控制该尺寸名称，但是您可以在事后用netCDF4对其进行修改，例如，

import netCDF4
with netCDF4.Dataset('mydata.nc', 'r+') as nc:
    nc.renameDimension('string20', 'idstring_strlen')

向xarray创建的netCDF文件添加新维度

1 个答案: