我正在尝试将python脚本包含在Snakemake规则中,我想将snakefile中定义的变量传递到我正在启动的脚本中。我尝试使用与Snakefile中的名称完全相同的名称来调用它们,但是它不起作用。 我是否缺少任何扩展功能或类似功能?
Snakemake版本:5.3.0
Snakefile:
var="My_variable"
rule printVariable:
input:
output:
'My_variable'
script:
"path/to/script.py"
script.py:
#!/usr/bin/python3
open(var, "w+")
我希望我的python脚本可以捕获该变量,并使用它来创建一个具有其名称的文件