从python脚本规则访问Snakemake变量

时间:2019-03-29 10:16:46

标签: variables snakemake

我正在尝试将python脚本包含在Snakemake规则中,我想将snakefile中定义的变量传递到我正在启动的脚本中。我尝试使用与Snakefile中的名称完全相同的名称来调用它们,但是它不起作用。 我是否缺少任何扩展功能或类似功能?

Snakemake版本:5.3.0

Snakefile:

var="My_variable"


rule printVariable:
    input:
    output:
         'My_variable'
    script:
         "path/to/script.py"


script.py:

#!/usr/bin/python3

open(var, "w+")

我希望我的python脚本可以捕获该变量,并使用它来创建一个具有其名称的文件

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